分子動力學大多為數據并行計算，這非常適合在GPU（圖形處理單元）上運行，現在的GPU包含數千個運算單元，可以用來計算密集型的科學應用，為分子建模提供巨大的加速。有效的GPU計算的關鍵是數據并行算法， 目前常見的分子動力學軟件NAMD, VMD, LAMMPS, AMBER, GROMACS等均已發布支持GPU計算的版本，科研人員在不修改軟件的情況下，利用GPU可以立即獲得7-10倍于主流CPU的計算速度。
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